真宗寺がこの地に建立されたのは、平成14(2002)年10月のこと。元々は茨城県取手市にある真宗寺が我孫子市湖北台に拠点を置いたことに端を発する。その取手市の真宗寺の前主管・辻氏は、岐阜県岐阜市にある舩橋願誓寺の僧侶として、昭和54(1979)年に都市開教の一環で取手市に拠点を置いた経緯があった。
その舩橋願誓寺は、元は天台宗でしたが、親鸞聖人が関東から京都に帰られる際、当時の住職が聖人のみ教えを聞いて大変感銘を受け浄土真宗に改宗しました。舩橋願誓寺という寺の名前も親鸞聖人からつけて頂いたものだそうです。
そんなおよそ1100年以上の歴史を持つ由緒ある寺院の流れを汲んだ真宗寺は、辻氏が急逝されたことがきっかけとなり、現住職の柏倉氏が千葉県側を後継するご縁を頂戴し、門信徒の協力もあり平成24(2012)年3月に我孫子の真宗寺として宗教法人の認可を受けた。
長年の縁が続く門信徒と厚誼ある関係が続いており、アットホームで温和な雰囲気漂う憩いの場として誰にでも開かれている。