1676(延宝4)年、真木山福正寺の境内からはじまった行願寺。1764(明和元)年に第5代恵了法師が開山した。
1916(大正5)年には大月市共同墓地「林宝閣」が造営され、第10代の英夫氏が同地に移住したのが、1922(大正11)年になる。2005(平成17)年には現在の場所に本堂を移転した。
行願寺には、必ず執り行う夏の行事がある。第二次世界大戦(太平洋戦争)の終戦2日前、8月13日に大月において空襲があった。軍需工場、旧都留中学校(現・都留高等学校)、旧都留高等女学校(現・大月短期大学)が攻撃を受け、多くの方が亡くなられた。行願寺墓地にある遺髪塚には、犠牲者の女学生の遺髪が収められている。遺髪塚は高台にあり旧都留高等女学校がよく見える場所に造られた。毎年、行願寺本堂では、都留高等学校同窓会の方々を中心に、大月空襲戦没者追悼法要が執り行われる。